Jurusan Matematika bersama-sama dengan FMIPA Universitas Pattimura secara resmi berdiri pada tahun 1998 (26 Februari 1998) dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No: 045/C/1998, dengan salah satu tugas adalah menyelenggarakan layanan kuliah dasar MIPA (Matematika, Biologi, Kimia dan Fisika) dalam lingkungan Universitas Pattimura. Pada tanggal 26 September 2001 dengan dikeluarkannya ijin menyelenggarakan Program Studi Matematika, Biologi, Kimia dan Fisika melalui SK Dirjen Dikti No: 3115/D/T/2001, maka Fakultas MIPA secara resmi menyelenggarakan program pendidikan sarjana untuk empat jurusan.